皇室内廷和中枢
皇帝：除了第六王朝外，帝国大部分时间实行绝对君主专制，皇帝是国家的绝对住在兼帝国武装力量最高统帅。
皇后：除军事外，几乎享有与皇帝等同的权力，帝国历史上有许多皇帝实际上担任了“大号宰相”的职责，但大部分皇后的权力严格意义上来源于皇帝（德斯碧娜、克拉丽丝此类内亲王招赘除外），因此皇后的职权范围在历史的不同阶段变化较大，莉瑞俄珀、莉莉、阿德里安、文森特、玛拉、狄奥法诺等皇后理论上享有除军事权力以外的其他一切政治和法律上的权力，且理论上可以在皇帝处于紧急情况时签署军队命令。
太后：在礼法上拥有比皇帝和皇后更大的地位，实际权力则通常低于皇帝皇后，但在部分时间，比如皇帝年幼或皇帝无法实际行使权力，或皇帝出身情况特殊，需要太后来证明其合法性时，太后会参与摄政（马特罗娜、吉塞拉、荷诺拉塔），甚至成为共治皇帝（佩里格林）。
宫廷内相：首次设置于齐格蒙德时期，最早是因为莉莉不熟悉且拒绝履行宫廷义务而设置的，后期逐渐形成定制，因为马尔塞拉斯帝国皇后承担外朝实际政务较多，无法同时兼顾宫务，因此宫廷内相实际上总领了宫内一切事物，直接对皇后负责，通常由皇室旁系向导、高阶贵族向导、皇后心腹担任。在部分皇帝较为荒淫的时期，宫廷内相往往由皇帝的爱妃担任，被视为类似于古地球时代英法“王室首席情妇”一类的待遇，后来多次被正本清源。
皇家医疗中心主任：皇家哨向匹配与医疗中心总负责人，直接向皇室负责，对接宫廷内相和外朝宰相， 掌握全国高阶哨向的基因库和匹配建议权，因为本世界观sccs会造成重大影响，对于高阶皇帝来说，该中心某种意义上把握着命脉。
皇帝首席秘书主任：负责对皇帝需要亲自批阅的文书、会议进行分类整理、起早公文、传达皇帝私人御令等，统领皇帝秘书办公室其余所有秘书，与皇帝内宫首席侍从总管有区别，通常由中阶哨兵或向导担任，部分向导甚至会因此成为皇帝后宫，如艾丽卡、安帕罗、阿纳帕和约南达都曾经担任此职位。
宫内厅
由于皇宫内部人数多，数量大，因此也有庞大的行政机构，宫内厅通常由宫廷内相统摄一切事务，最高领袖为皇后。
皇宫事务委员会：成员被称为“参议”，通常在5-6人左右，负责行政协调，包括礼仪参议，负责皇宫礼节和大型活动；执行参议，统辖皇宫事务局；紧急制动参议，负责处理安保和紧急事故，通常由禁卫军统领和兼任；资源参议，负责皇宫内资源总调度；调度参议，负责皇家所有机器人和高科技系统管理；财务参议，负责计算皇宫花销。
皇宫事务局：所有皇室成员的首席侍从官均属于这个机构。
皇室成员办公室：通常每个成年皇室成员都会有这样一个小型机构，负责皇室成员在正式官职以外的半官方场合、私人社交场合等方面工作处理。通常包含一个侍从总长（负责接待、对上对外沟通和整体安排），一个秘书总管（负责礼仪和新闻发布），一个财务和资源总管。在部分朝代，对于已经嫁出去的内亲王，他们可以选择将这些侍从带入新家，也可以选择放弃。奥托当年就只带了苏珊·密苏里到内亲王府邸， 而伊沃和埃塞尔沃德则并没有带人。
禁卫军：属于皇宫的“安保卫队”，因为武装强度基本和帝国军队齐平，所以也被称为皇帝的私军，在霍亨索伦篡位时代，皇帝的私军力量极为强大，而禁卫军通常也是皇帝的最后一道防线，御驾亲征时，禁卫军通常也会跟随上前线。
行政框架
帝国官方的行政框架经历了多次变迁，这里仅以稳定期作为标杆。
内阁
最高行政决策机构，通常由皇帝、皇后、首相，首相助理，皇帝秘书，以及各部部长，科学院院长，全国哨向匹配与医疗中心主任组成。
首相：总领一切政务，直接对皇帝负责，在第五王朝时期内阁改组时也被称为内阁首辅，并拥有实际上的最高决策权，但在皇权比较强势的时期，有时候又会沦为纯粹的执行者。
首相助理：通常有4人，负责分管各项事务，辅助首相做好一切事物，佩莱格里诺、阿莱娅等人就曾担任这个职务。
皇帝秘书：与皇帝首席秘书主任不同，是皇帝的外朝秘书，通常为皇帝直接负责的事务负责。
内政部
帝国最大最核心的文官部门，控制帝国的意识形态和内部秩序，最高领袖为内政部长，因为体系庞大，内政部长通常被视为成为宰相的跳板。
舆论与宣传司：负责监控并跟踪全国舆论，防止危机事件发生， 部分时期也包括塑造舆论并引导群众意识形态等，海伦娜、埃莫马利就曾经在这个单位工作过。
网络安全司：维护帝国局域网，建立防火墙，封锁不利于帝国意识形态的信息，并长期与天琴共和国、达喀尔国等地方进行认知作战。
社会保障司：负责物资调配，户籍管理，社会福利调度等等。
民政司：负责全国公民杂物，诸如结婚离婚，办证等等。
教育司：负责全国各级学校以及全国统一选拔考试，教材规定等等。
农业与气象司：负责天气预报、农业生产等方面内容，因为星际时代的农业生产占比比起古地球时代已经少了很多，因此这个部门通产还包括监控或调配部分星球的大气浓度、天气等等。
经济建设司：负责制定年度整体经济计划走向以及国家级大型项目选定。
贸易司：负责全国内部贸易。
交通司：负责帝国交通区与调度。
财政部
把握帝国的经济命脉，管理帝国国库。
财政司：统计帝国国库整体收入情况，所有预算必须从此处批复。
金融司：负责帝国整体金融相关事务。
税务司：负责帝国税税收收缴。
建设部
自然资源司：负责帝国各星球自然资源开采和调度。
地质与水利司：负责帝国各星球地质勘测、 水利建设以及其他建设事项，帝国实行珍稀资源国营政策。
边境开发司：最早开设于第一王朝艾特尔时期，后来在欧根时期发扬光大，包括新发现、较落后以及附属国开发等。
重要项目司：负责帝国的国有大型项目建设，对接国有公司。
外交部
礼仪司：负责整体掌握国内外外交对等原则，并在国家元首、行政首脑对外访问或接待来宾时进行准备。
对外发言办公室：国家有重要对外政策需要传达时进行发言。
驻外使馆：帝国驻各国大使馆。
国际贸易司：负责国家级别的大型贸易。
边境管理司：负责管理帝国各地海关。
司法部
在第六王朝阿兹玛首相第二任期，司法部被彻底单独列出行政部门，进入单独的法律秩序体系中，这里仅讨论第六王朝以前的情况。在第二王朝阿拉里克皇帝时期，司法部已经半隔离于普通行政系统。
条文司：负责司法条文起草和解释。
公安司：负责管理全国警察局和监狱。
督查司：负责反腐。
最高法院：对实际判例进行解释，且对死刑有最终决定权。
最高检察院：法律监督，提起公诉等等。
国家安全与情报部
这是一个相对独立于其他行政框架的部门，可直接对皇帝负责，在提奥德米尔时期，曾经增设过真理卫队勘察处，名义上挂在这个部门，实则完全为独立部门，凌驾于众官员之上。
军情处：负责国家机密情报，可直接向皇帝进行报告。
秘密战略司：制定一些见不得光的战略，处理一些脏活儿。
哨向匹配和医疗中心
位于胡拉的国营专门医院，与普通的医院有所区别，除匹配外，仅负责哨向因素所引起的病症。在各星球通常设置有分中心，通常各星系有权限管理s+以下哨向的评级和匹配，但ss以上哨向必须报告中央。
帝国也允许私人医院存在，但私人医院不得违法私自开设哨向评级和匹配业务。
基因觉醒和属性评定委员会：负责检测全国所有人的属性和等级，并等级进入国有库，帝国的身份证除了属性之外，同时也要带评级。
中枢匹配算法中心：根据属性和评级对帝国哨向进行匹配，高龄未婚的哨兵向导是他们监测重点。
临床医疗与sccs干预部：负责对即将陷入sccs或者陷入发情期的单身向导进行隔离和医疗处理。
人造子宫管理处：一个在部分时期存在的部门，比如第四王朝时期，当时人造子宫刚普及到权贵部门，为了防止有人拿人造子宫做一些违反伦理的事情，故专门设置了这个部门。
药剂和信息管理局：与科学院对接，垄断哨兵舒缓剂、向导抑制剂、阻隔贴等配给，不过通常皇室、宗室、ss+以上向导以及侯爵/中将以上级别的家属的配给并不从此处来，而是直接走皇家哨向匹配与医疗中心发放。